Pierre Besnainou est président du FSJU. En 1995, il est nommé au Conseil des Gouverneurs du centre Shimon Peres pour la paix. En juin 2005, il est élu président du Congrès juif européen (CJE), en battant l’Italien Cobi Benatoff, favori de la Communauté juive américaine et du président du Congrès juif mondial, Edgar Bronfman. En avril 2007, Pierre Besnainou est décoré de la Légion d'honneur par le président Jacques Chirac En Janvier 2010, il succède a David de Rothschild a la présidence de la fondation du judaïsme français.