Joël Hubrecht est chargé de mission à l'Institut des hautes études sur la justice (IHEJ). Engagé dans les milieux associatifs solidaires lors des conflits dans les Balkans et soutenant la mise en place du TPIY, Joël Hubrecht a animé en 2003-2004, aux côtés d’Antoine Garapon, le séminaire de philosophie du droit « La justice pénale internationale entre utopie et histoire », ainsi qu’un séminaire sur l’éthique et les relations internationales au Centre d’études et de recherches internationales de Sciences Po, sous la direction de Pierre Hassner. Il est en charge, depuis 2010, d’un séminaire sur la justice internationale et de transition, mis en place en collaboration avec le Ministère des affaires étrangères.