Ancienne élève de l’École nationale des chartes, Françoise Banat-Berger débute sa carrière de conservateur aux Archives de Paris. En 1995, elle est nommée responsable des archives du ministère de la Justice, fonction qu’elle occupera jusqu’en 2004. Françoise Banat-Berger rejoint alors l'administration centrale des archives. Responsable du département de l’innovation technologique et de la normalisation, elle a pris en 2011 les fonctions de sous-directrice chargée de la politique archivistique au sein du service interministériel des archives de France de la direction générale des patrimoines. Elle occupe depuis septembre 2014 le poste de conservatrice générale du patrimoine, à la direction des Archives nationales (MAJ 2015)