Pasteur-aumônier agréé par la Fédération Protestante de France (FPF), major de l'armée du Salut,  Anne Thöni préside la commission nationale des relations avec l'islam au sein de la FPF.
En charge de l'aumônerie protestante intégrée à l'aumônerie interreligieuse de l'Hôpital Avicenne (AP-HP) à Bobigny en Seine-Saint-Denis, elle en a coordonné durant 10 ans le comité interreligieux composé d'un prêtre et d'une aumônière catholique, d'un prêtre orthodoxe, d'un rabbin, d'un imam et d'un pasteur. Elle a reçu du Ministère de l'Intérieur (Bureau des Cultes) la médaille de chevalier dans l'Ordre du Mérite qui lui a été remise en 2010 pour ses 35 ans de ministère et le travail singulier qu'elle a accompli à l'hôpital Avicenne.