Durant la Seconde Guerre mondiale, Bruno a tout juste 9 ans lorsque son père, un officier nazi remarqué par le Führer, se voit confier le commandement du camp de concentration d'Auschwitz. Le petit garçon n'apprécie guère de devoir quitter la belle et confortable maison de Berlin pour se retrouver dans une demeure isolée et sinistre.

De la fenêtre de sa chambre, il aperçoit des hommes, des femmes et des enfants tous vêtus de pyjamas rayés, sans que personne ne lui explique qui ils sont, pourquoi ils sont là et ce qu'ils y font. Mais, l'innocence aidant, il va se lier d'amitié avec un enfant juif