Yves Charles Zarka est professeur à l'Université René Descartes/Paris 5. Il a fondé et dirigé au CNRS le Centre Thomas Hobbes (1990-2002), il a également dirigé dans cet établissement le Centre d'Histoire de la Philosophie Moderne (1996-2004).   

Il dirige aux Presses Universitaires de France quatre importantes collections. Y.C. Zarka est également le responsable général de l'édition critique des OEuvres complètes de Hobbes aux éditions Vrin.   Il est membre du Comité de rédaction de la revue Archives de Philosophie et du Comité scientifique du British Journal for the History of Philosophy, ainsi que de la revue Science et Esprit (Ottawa).
Il a été membre du Comité National de la recherche scientifique (1995-1999) et du Conseil National des Universités (1994-95 et 2000-2003). Il a été le co-président de la commission qui a rédigé le Rapport sur la recherche philosophique en France, Ministère chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche, 1996 et 1997.

Yves Charles Zarka est à la fois philosophe et historien de la pensée politique. L'objet central de son travail concerne la constitution des concepts fondamentaux de la pensée juridico-politique moderne. Sa méthode consiste à associer philosophie et histoire en interrogeant philosophiquement les textes du passé.

En outre, Yves Charles Zarka fait porter une part de plus en plus grande de ses travaux sur un autre domaine : celui des mutations de la politique et de la société contemporaines : structure de pouvoir et forme de gouvernement, droit et histoire, politique et justification, les nouvelles formes de geurre et le terrorisme. La revue Cités a précisément pour objet de penser ces questions en associant un retour à la cité réelle et une ouverture vers la cité possible.
Comme la philosophie politique n'a pas de sens en dehors de l'expérience des crises du présent, Yves Charles Zarka se donne également pour tâche de produire des analyses historico-politiques des lieux de fracture du monde contemporain.